Natsuki Ikaruga perdeu sua perna ainda criança em um acidente. Além das dificuldades financeiras, ele precisa sobreviver em um mundo que foi inundado pelo aumento do nível do mar. Um dia, em busca de um tesouro perdido na casa submersa de sua avó, ele encontra e acorda uma androide chamada Atri, que mudará sua vida para sempre.