Tomoharu Natsume sobreviveu a um terrível acidente de avião, mas Misao, sua amiga próxima, não sobreviveu e se tornou um fantasma que continuou ligada a ele. Três anos depois, ele se muda para um lugar alugado por seu irmão para morar sozinho e frequentar a Escola Raku, já que sua mãe se casou novamente. Em seu primeiro dia em sua nova casa, uma garota misteriosa chamada Shuri aparece e lhe entrega uma maleta prateada para ele cuidar em nome de seu irmão que mora no exterior. Logo depois, Tomoharu e sua melhor amiga, um fantasma chamado Misao Minakami, são atacados por várias facções que procuram o ‘Asura Machina’ e o ‘Extrator’.