Natsume constrói um canteiro para Touko, que recebeu mudas de flores. Ao notar que as pedras do canteiro estão desaparecendo, ele vai investigar. Naquela noite, encontra yokais com máscaras de anciãos chamados “Guardiões da Caixa”. Eles pedem as pedras para restaurar um jardim em miniatura numa caixa de madeira, preparando-se para a visita de um deus após décadas, e solicitam a ajuda de Natsume.