A missão do major-general Jack O’Neil de defender Atlantis, falha quando ele e Richard Woolsey são feitos prisioneiros durante um ataque dos replicantes na cidade. A equipe de Sheppard, a Dra. Weir e o Dr. Carson roubam um Saltador de Possas do Comando Stargate na Terra e voltam à galáxia Pegasus com um plano para retornar Atlantis.