Um submarino MSDF colide com um submarino nuclear dos EUA, esmagando todas as 76 pessoas a bordo, incluindo o seu comandante, Shiro Kaieda. No entanto, a tripulação sobrevive. O acidente é uma desculpa para levar a tripulação do submarino MSDF a bordo do Seabat, um submarino nuclear construído secretamente pelos governos japonês e norte-americano. No entanto, Kaieda carrega o Seabat com mísseis nucleares e de repente se amotina e foge.